Ha! Už to funguje, bylo tam jen potřeba něco vymazat z toho vzorového skriptu (sice metodou cvičená opice, ale lepší, než kamenem do hlavy ...)

set avidemux="c:\Program Files\Avidemux 2.7 VC++ 64bits\avidemux.exe"
set videocodec("Copy")
set audiocodec("copy")
set setContainer("MP4", "muxerType=0", "optimize=1", "forceAspectRatio=True", "aspectRatio=1", "rotation=0")
for %%f in (*.ts) do %avidemux% --video-codec %videocodec% --audio-codec %audiocodec% --load "%%f" --save "%%f.mp4" --quit