Ja nahraté a orezané *.ts prevádzam dávkovo do *.mkv s pomocou mkvmerge takýmto .bat súborom, umiestni sa do adresára s *.ts súbormi spolu s mkvmerge.exe a spustí sa:

chcp 1250

pushd %~dp0

for %%f in (*.ts) do (

    ECHO Processing %%f
    
    rem mkvmerge -a 1,3 -o "out/%%~nf.mkv" "%%f"
    mkvmerge -a 1 -o "out/%%~nf.mkv" "%%f"

    if errorlevel 1 (
        ECHO Warnings/errors generated during remuxing %%~nxf, original file not deleted.
        ECHO Warnings/errors generated during remuxing %%~nxf, original file not deleted. >> logging.txt
    ) else (
        ECHO Processing of %%~nxf successful!
        ECHO Processing of %%~nxf successful! >> logging.txt
        ECHO Deleting %%~nxf.
        ECHO Deleting %%~nxf. >> logging.txt
        del "%%f"
        )
    )

pause

popd

Súbory premuxované na *.mkv ukladá do adresára "out" a v prípade úspešného prevodu zdrojový *.ts maže. Do remuxovaného *.mkv ukladá prvú zvukovú stopu, a tá za"rem"ovaná alternatíva ukladá 1 aj 3 zvukovú stopu (to sa zíde keď je v tej tretej napr. aj originál zvuk - platí pre ČT, na inej stanici to môže byť inak). Automaticky sa ukladajú aj titulky do *.mkv ak v tom zdrojovom *.ts sú. Všetko je to samozrejme bez rekompresie jak videa tak audia.