Podívej se do Nastavení v tom MS účtu. Povoluje se tam přístup pro jednotlivé aplikace.

Mimochodem, běžně je možné se vrátit na lokální účet a ten MS účet používat jen s konkrétním programem.

Jinak, nikdo tě nenutí ten Skype používat a je možné ho odinstalovat.

Je třeba rozlišovat přihlášení do MS účtu (bez toho prostě některé služby či funkce nelze použít) a přihlášení do Windows (k tomu MS účet či přihlášení do něj nutný není).