V tom prípade pokial naozaj potrebuješ iba pridať/ubrať/vymeniť zvukovú stopu a nepotrebuješ to video strihať a nejako upravovať, tak máš MKVToolnix asi najjednoduchšiu možnosť. Ak by bolo treba audio nejako posunúť kvôli synchonizácii s videom, to tam vieš nastaviť tiež.