hele, možná jdeš na to moc hrr...
pro začátek by bylo možná lepší si zkusit vytvořit bootovací BartPE (nebo Reatogo),
zkusit, jestli je ok, a pak jít dál
bootovací usb je dost magie - obecné řešení neexistuje, postup je různý pro různé usb disky i pro různé motherboardy
obecně asi by se dalo říct, že to jde líp s malými flashdisky které jdou naformátovat FAT16 (do 2 GB)