Je to možné.
PSPad používá FileType pluginy, kdy na základě přípony souboru se soubor neotevře přímo, ale prožene se pluginem a stejný postup se uplatní při ukládání.
Jako plugin jde použít cokoliv hotového, co se dá zavolat přes příkazovou řádku, je možné použít i dávkový soubor.
V podsložce .\Plugins\FileType\ReadMe.txt je popis

Samozřejmě není to dokonalé, protože soubor se musí rozšifrovat a následně poslat do PSPadu, takže po ten okamžik je dostupná rozšifrovaná verze. Podobně při ukládání - soubor se uloží, prožene pluginem a smaže.
Přímo součástí Windows je příkaz Cipher:
https://www.windows-commandline.com/cipher-command-line-encryption-utility/
Podobně by šlo použít OpenPGP nebo si napsat jednoduchou utilitu.

Teď mě napadlo., že pokud používáš textové soubory, použij PDB - používalo pro Palm Database a nebude moc programů, který by to zvládly přečíst. V současnosti se používá pro elektronické knihy, navic je to zipované, takže menší velikost.
Příponu si uprav podle potřeb, aby to nebylo na první pohled vidět, klidně ENC. Pak stačí vzít PDB.exe v podsložce .\Plugins\FileType, zkopirovat na enc.exe a uložit svůj TXT s příponou .ENC. PSpad pak bude umět ENC načíst i uložit.