Pri inštalácii Windows 10 som mal v PC vložené 3 disky, 2x m2 /250 a 1000GB/a 1x sata.

A to byla chyba. Instalátor windows dělá cca 3 oddíly a pokud dostane sebemenší příležitost možnost nacpe jeden tam kde ho nechceš. Tedy nejspíš na ten odpojený disk.
Pokud máš udělanou zálohu dat nainstaloval bych to znovu tentokrát jen s jedním připojeným diskem. Jo jeden ten nvme odpojit,je to opruz, vím.