Možno takto. Ak si aspoň trocha skúsený v bat skriptovaní, tak môžeš využiť výstup príkazu whoami /groups. Vylistuje ti zoznam skupín aktuálneho používateľa, a podľa výsledku sa rozhodneš čo sa spustí.
Pomocou group policy by si potom spúšťal tento skript, namiesto tvojej aplikácie.