Táto vec sa nedá len tak po lopaticky vysvetliť, má myriady možností.
http://kb.mozillazine.org/Show_hidden_files_and_folders
Daj sem screen rozkliknutej zložky konkrétneho úložiska mailov z Thunderbird kde sú prípony *.msf.
Niekedy je možné, že sa po zaplnení úložiska množstva "imelí" stratia správy, Thunderbird má svoj limit.