který disk je zvolen jako bootovací v biosu?
která partition je active? (leží na ní tvůj zavaděč)
v jakém pořadí jsi instaloval ty windows a linux, byly ty disky vidět při instalaci nebo je některý zapojený dodatečně?

jako jediné rozumné řešení vidím nainstalování a spouštění nějakého partition manageru "třetí strany".