Možná dáváš velikost vrstvy a tím se roztáhne celý obr. Zkus jen velikost plátna té vrstvy. Jestli to tam ovšem jde. Předpokládám že ano, je to standardní věc editorů.
Sám používám PhotoFiltre. Tam dáš vložit a pak si výběr šoupneš kam chceš, načež to Enterem potvrdíš. PhotoFiltre ale nemá vrstvy.