one drive nepoužívám, tak jen domněnka:
ten cloud synchronizuje jen některé, ehm, složky - asi to co je součástí profilu uživatele = i plochu.
tipuju, že d: si onedrive nevšímá, musel by na něj být extra nastaven.
potom by mělo být vše na d: ve větším bezpečí než v cloudu.