2) all users - takto se v minulosti instalovaly všechny programy do program files. zástupce dal instalátor buď do all users, nebo jen instalatérovi na plochu, nebo nikam, podle fantazie výrobce.
nevýhodou bylo uložené nastavení v program files nebo hklm, když měl uživatel omezená práva. změna (povolení/zakázání) je možná právě s využitím práv.

1) jen user bez ptaní - ze známějších programů to snad od začátku využíval chrome, že se nacpal do appdata. (program files využívaly jen firemní verze)
plná práva i pro omezeného uživatele nad nastavením, taky to ulehčovalo šíření virů.

3) instalace podle dotazu - vlastně ani nevím, jestli instalační wizard měnil cílový adresář pro celý sw, nebo jen zástupce a uložení nastavení do appdata / program files. nikdy jsem tak neinstaloval žádného ze správců souborů.
ale program jednou umístěný v appdata typicky nepůjde spustit jiným uživatelem kvůli právům, taky může vadit chybějící nastavení - sám to zmiňuješ.
dokonce to nemusí fungovat i v případě, že je na pc několik uživatelů (profilů) a všichni jsou admoši.

umístění sw do appdata nesnáším.