Závísí to na konkrétním programu. Takže odpověď na tvou otázku Dá se to nějak ovlivnit? je někdy ano někdy ne, nějak nechápu proč se na to ptáš, to je snad každému jasné, ne?
Jestli jsi nemyslel programy, u kterých to předpokládám nejde (třeba nějaký klasický antivir), tak instalovat program přece nemusíš instalátorem, který používá pro instalaci konkrétní program, ale instalaci si můžeš provést sám jak chceš bez původního instalátoru programu, takže v tom případě to obecně jde a toto je jedna z možností, jak to řešit.