.exe programy záleží na vůli programátora.
.msi balíky sice počítají s parametry, jenže i tak nemusí obsahovat volbu instalačního adresáře.
jednodušší než řešit nějakou dekompilaci může být prosté zkopírování rozbaleného sw, dokopírování nastavení, zástupců, případnou asociaci apod. do registrů podle nějakého vzoru.

záleží na složitosti konfigurace toho sw krámu, jestli má smysl s tím ztrácet čas.