Buď použij Joiner z mého odkazu, doporučuji!
Ve VirtualDub děláš chybku: načti první video,
pak rozklikni záložku Komprese a zvol kodek,
ve kterém to chceš mít, jinak budeš mít nekompresovanou obludu.
Nestačí filtry, musíš si přímo stáhnout kodek, zkus Xvid 1.1.3 final:

http://www.free-codecs.com/download/Koepi_XviD.htm

pak se ti zobrazí v nabídce Komprese, nezapomeň na zatržítko
Synchronizovat Audio a Video. Po zvolení těch voleb postačí
Direct Stream Copy - Přímá kopie videa, abys nemusel čekat dlouho,
při malých AVI nevadí ani volba Kompletní zpracování videa.