To záleží jakým způsobem to zašifruješ. Pokud to je např. v zašifrovaném RARu, tak je to chráněné i když se ti někdo nabourá do PC, pokud teda ten archiv nemáš zrovna otevřený.
Pokud si zašifruješ celý systémový disk, tak při běžícím systému se to pro všechny aplikace tváří, jako by to zašifrované nebylo. Slouží to jenom jako ochrana při ukradení či ztrátě disku.