WinToUSB si udělá to "bootování" sám ... nepotřebuje nějakou pomoc. Ale asi je nutné mít flešku inicializovanou - tedy dle potřeby GPT nebo MBR, což se dá udělat programem diskpart (či jiným, koneckonců dělá to i Rufus dle nastavení). Pro W10 je std. volba GPT, ale někdy může mít smysl MBR, v tom bys měl mít jasno.

PS: WinToUSB a Rufus dělají "trochu" něco jiného ... je rozdíl instalačka a Live systém.