Problem je, ze ten modem budu potrebovat provozovat i pod Windows, takze bych to musel furt prepinat.

IMHO si ho Windows do toho RNDIS režimu přepnou automaticky po nainstalování správných ovladačů. A i kdyby ti z linux natvrdo zůstal nějak přepnutá v RNDIS módu, tak se nic neděje, Windows rndis používají taky (to je to že se ti ten modem v systému tváří jako další ethernetové rozhraní).

Takže to prostě neřeš.