Automatizovaně? Proč ne.

Vytvoř si soubor, např. prihlaseni.txt a do něho napiš ty přihlašovací údaje k FTP a cd cesta do složky.
Pak budeš potřebovat ten seznam souborů ke smazaní, např. smaz.txt, každý řádek bude obsahovat delete nazev_souboru.

A do třetice si vytvoř dávkový soubor smaz_soubory_FTP.bat a do něho zapiš:

type prihlaseni.txt >davka.bat
echo. >>davka.bat
type smaz.txt >>davka.bat
call davka.bat
pause
del davka.bat

Je to jen rychlý nástřel, bylo by vhodné ošetřit chybové stavy...