Techmaker - nefungují citace

Dobrý den,

mám rozepsanou bakalářku v Texmakeru, soubor končí .tex, citace mám v souboru .bib. Po celou dobu mi Latex správně generoval citace, ale najednou z ničeho nic mám následující problém. V souboru s bakalářkou se pokaždé dostane k citaci např. 40 a dál svítí pouze otázníky (místo např. [25]) a to i u nově přidaných citací. Zkoušel jsem založit nový soubor, ale v něm se mi nevygeneruje ani jedna citace a svítí otazník.

Latex mi píše:

Input index file POKUS.idx not found. Usage: makeindex [-ilqrcgLT] [-s sty] [-o ind] [-t log] [-p num] [idx0 idx1 ...]
Process exited with error(s)

Pokud v adresáři založím soubor POKUS.idx , píše následující fráze

bibtex: major issue: So far, no MiKTeX administrator has checked for updates.
Process exited with error(s)

Input index file POKUS.idx not found. Usage: makeindex [-ilqrcgLT] [-s sty] [-o ind] [-t log] [-p num] [idx0 idx1 ...]
Process exited with error(s)

Moc Vás prosím o pomoc v Latexu se vůbec nevyznám a za celé odpoledne jsem na nic kloudného nepřišel. Moc děkuji