To opravdu nebude, chtělo by to spíš aby vstupem byl přímo ten textový soubor, což při použití příkazu snad možné je (alespoň jsem nabyl toho dojmu, když jsem si nápovědu k for někdy četl - je opravdu dlouhá, příkaz for má více módů, a já tehdy potřeboval něco úplně jiného).
A uznávám je to opravdu komplikované zadání, podle mě ale řešitelné.
Pokud mě paměť neklame, měl rar nějakou možnost uložit každou položku do samostatného archivu, ale to se týkalo asi souborů, ovšem když si zobrazuju nápovědu, tak to tam nikde nevidim.

Rozdělil bych si to na několik položek:
1. získat seznam adresářů, to snad nebude tak těžké (dir /s/ad+ atd.)
2. Najít způsob, jak tento seznam položku po položce procházet (zřejmě cyklem for dosu) a zkusit to na nějaké neškodné funkci třeba echo (jenom vypíše parametr)
3. Tuto testovací funkci nahradit rar s potřebnými parametry.

První a poslední položka je bez problémů, tu prostřední jsem nikdy nezkoušel, ale mělo by to být možné. Takže bych se soustředil, jestli je možné ze stdin získávat řádek po řádku a předávat je upravené dál jako součást příkazu.
Seznam bych předal přes stdout | stdin případně přesměrované na soubor, to je celkem jedno, ale pro program bych komunikaci přes std* nechal.

Když jsem naposledy potřeboval něco podobného, tak jsem si na to udělal dávku v matlabu, kde jsou trochu jiné možnosti. Nějak se mi tehdy nepodařilo přímo volat vypočítané příkazy (ta možnost volání příkazů systému tam je), tak jsem je sepsal do dávky a volal tuto dávku. Musel bych hledat ve svém archivu, ale šlo také o získání seznamu souborů a nějaký příkaz pro ně, ale ještě něco navíc, co si nevybavuju a kvůli čemu jsem to nemohl udělat v příkazovém řádku.