zda lze opravdu vyloučit, že se spustí už v nějaké škodlivým kódem modifikované podobě.

SandBox je SandBox je zcela vylouceno ze je infikovan skodlivym kodem, jde o samotnou podstatu SandBoxu.
Na sifrovani tech zaloh/heslo, na to nepotrebujes kupovat zadne specialni krabicky nebo externi disky, IMHO jsou to zbytecne penize, sifrovat je muzes efektivne zcela zdarma.