A můžeš říct, co ty tvé rewrite rules mají podle tebe dělat? Podle mých relativně chabých znalostí apáče:

první pár řeší přesměrování pro URI začínající "/system.*" a v případě aktivace ukončí hledání stringů k přepisu. Divné, ale IMHO nic nehrotící.

druhá trojička řeší neexistující fyzické soubory a složky s redirekcí na index.php a v případě aktivace ukončí hledání stringů k přepisu (zde to IMHO máš špatně, protože request_filename kontroluje soubory na lokálním disku, v lokálním FS, s lokálními cestami - zkoušel sis, co ti z té proměnné leze?)

ten poslední pár řeší redirekt pro všechny hostitele co nezačínají "www" na URN, který se skládá z "/rezervace/"+původní URN. Tady by se měla dít většina přepisů, ale řekl bych, že k tomu nikdy nedojde, kvůli druhému setu podmínek a přepisu.

Podle mě ti to začne fungovat, když zakomentuješ tu prostřední trojičku.

edit: tady máš k tomu počtení: https://serverfault.com/questions/1024920/whats-the-difference-between-request-filename-and-request-uri-in-apache-configu
edit2: a ten poslední máš také špatně. Přidává "/rezervace/" zcela bezpodmínečně, takže na již existující /rezerveace/index.php nalepí ještě jednou "/rezervace", takže z toho vypadne: /rezervace/rezervace/index.php

BTW, vždycky bys měl začít logem. error.log a access.log ti řeknou nejvíc.