Firefox si dělá automatické zálohy záložek. Jsou umístěné ve složce bookmarkbackups
Odtud je možné zvolit obnovu uložených záložek (jsou podle data) přes Ctrl+Shift+O - Import a záloha.
Takže stačí překopírovat tu složku do nového umístění (při ukončeném Firefoxu!).
K přenosu záložek taky stačí překopírovat soubor places.sqlite (je v tom Historie a Záložky).