Pokud mate SQL server a ne MSDN, tak soucasti je i management studio. Tam je moznost nechat optimalizovat indexy. Server si podle dat navrhne indexy tabulek tak, aby se zoptimalizoval provoz.
Tohle muzes udelat i jako pravce bez nutnosti zasahu te firmy

Dalsi vec - pokud je zapnuty full recovery model, rostou LOG soubory do velmi velkych rozmeru. Tady bych doporucil zapnout simple recovery model. Ridi se to na urovni databaze.