"..neměly by být aktivní.."
když bych hodně nepřesně za viry považoval ty, které modifikují/nahrazují stávající .exe v pc, anebo které se přidávají mezi drivery, tak na ně by nouzový režim neměl mít vliv.
ovšem pokud nejsou nějak spojené se sítí (a které dnes nejsou - psaní virů pro izolovaný pc se už dávno nenosí), ta většinou v nouzáku taky neběží.

zato jednodušeji napsaný spyware, který se obvykle spouští přidáním záznamu do run větve registrů, zástupcem do adresářů "po startu", nebo zápisem do autorun.inf (tady s čestnou výjimkou confickeru), na tyto lamoviny nouzový režim funguje - nespouští je automaticky.

vzhledem k převažující spywarové nákaze je tak nouzový režim dobrý pomocník.
a když pro změnu funguje příliš nouzově a nechce spustit nějaký antivirový nástroj, pak má smysl stáhnout nějaké antivirové bootovací cd-.iso, a odvirovat z něj. tento offline režim s vynecháním celého systému bych si dovolil nazvat "supernouzový". zároveň by si měl poradit s jinak obtížnými rootkity.

znalcům se omlouvám za dělení podle vychytralosti spuštění, je mi známo že odborníky jsou pouze ti, kteří dostanou každý rok aspoň jeden vir.