Děje se mi to občas na více počítačích.
Řeším to úspěšně zásahem do registru.
Na čtyřech místech registru nechte, podle číselného označení, jen ty klávesnice, které chcete.

Czech 0x00000405
Czech (QWERTY) 0x00010405
Czech Programmers 0x00020405
United States - English 0x00000409

HKEY_USERS\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload
HKEY_CURRENT_USER\Keyboard Layout\Preload
HKEY_USERS\.DEFAULT\Control Panel\International\User Profile
HKEY_USERS\.DEFAULT\Control Panel\International\User Profile System Backup

V User Profile System Backup lze smazat všechno.