S najväčšou pravdepodobnosťou ide o zneužite bezpečnostnej chyby v Joomle. Akú verziu si tam mal nainštalovanú? Určite nainštaluj poslednú verziu.
Nájdenie a následné zneužitie chyby v tvojich vlastných skriptoch je oveľa menej pravdepodobnejšie, takže ďalšími možnosťami sú ostatné open-source aplikácie, ale Joomla je podľa mňa kandidát číslo jeden (bol to môj tip ešte predtým, než si napísal, že si ju tam mal).