Podle mě je ten problém někde jinde.
Mysql se dá vypnout buď zastavením služby pokud je mysql spuštěna jako služba.
Nebo pokud je spuštěna spuštěním exe tak řádným vypnutím mysql pomocí například:

mysqladmin.exe -u JMENO -pHESLO shutdown

Jenže xampp vypíná mysql killnutím.
A na to ti fakt nepomůže spustit xampp-control.exe jako správce .-)
To aby ses třeba nedivil, že ti to znefunkční mysql i přesto, že spouštíš xampp-control.exe jako správce.
Musíš mysql řádně ukončovat
Teda aspoň si myslím, že problém je tady ten co jsem uvedl