Ne, ne. Jde o to, že na default xampp mysql spouští přes exe a ukončuje to killnutím (správně by se mělo ukončovat pomocí mysqladmin a shutdown ... já osobně používám k ukončování mysqladmin a shutdown, ale to ten xampp control asi neumí). Jde o to, že killnutím se mysql ukončí okamžitě, jenže v tom případě může někdy dojít k znefunkčnění mysql, protože před ukončením neprovádí ukončovací operace, to se po spuštění automaticky řeší a opravuje, ale někdy to asi opravit nejde.
Pokud chceš používat xampp a správně ukončovat mysql, tak spouštět xampp control jako správce, to už asi děláš, a pak povolit spouštění mysql jako službu, to se dělá tím červeným křížkem před mysql, pokud tam službu už máš nainstalovanou a máš tam zelenou faifku, tak je to už OK (mysql se bude ukončovat správně a to pomocí zastavení služby mysql).
Jinak já mám svůj ovládací prográmek na apache, mysql a php, takže balíky jako xampp nepoužívám, ale vím co bylo potřeba řešit, když jsem řešil spouštění a ukončování a tak trošku vím i jak to ty balíky řešily.