Osobně vždy, když měním takto zásadně formát souborů, tak před tím zruším a znovuvytvořím oddíl.
Já taky.
Jsem to zkusil i na tom druhém disku a chová se to stejně.
Windows prostě neumí zrušit oddíl naformátovaný na EXT4 a tváří se, že něco dělá a přitom nedělá nic.