V případě PDF-XChange editoru a Total Commanderu není problém, vytvořením příslušného tlačítka v liště TC, viz obrázek:

(heslo jsem upravil)

V TC vyberu *pdf, kliknu na ikonu v liště a zaheslované *pdf se otevře. Pokud potřebuji více hesel pro různé soubory, vytvořím si v liště více ikonek.

Jestli něco podobného umí Acrobat, jsem nezkoumal.