Z toho mi vyplyva ze najlepsie bude pouzivat uz priamo v nazve dokumentu to "cislo jednaci"

Bez automatizace to ale nezvládnu, 30k souborů bych růčo nepřejmenoval.

musis vysvetlit k comu sa vztahuje to cislo jednaci, k jednemu alebo viac suborom, ten kto ti bude robit nejaky program alebo skript musi vidiet a pochopit tvoju strukturu zloziek a jednacich cisel atd.

To se prostě nedá. Jak psal Honza nahoře, v jeho případě se pravděpodobně jedná o soudní spisy; u mě je to jinak, zatím jediná logika trochu vyplývá ze struktury a organizace adresářů. Jednotlivé případy spolu mohou být nějak souvztažné, takže já to nemohu organizovat ani podle subjektů ale ani podle věcí či čísel. Proto bych chtěl mít každý soubor a adresář označený jedinečným a nezaměnitelným způsobem, ze kterého by vyplynulo, kde se právě nachází.

Ale jak vidím, asi to nepůjde...