Jestli netrváš na výstupu na 3gp, můžeš prubnout http://www.dvdvideosoft.com/products/dvd/Free-Video -Flip-and-Rotate.htm (nezkoušeno) ukládá jen do AVI.
----
MediaCoder má své vlastní filtry a kodeky, K nastavování bohužel potřebuje firefox (kvůli xul)- ideálně dvojkovou portable verzi.
-----
Odinstaluj a smaž adresář s MediaCoder a nainstaluj znovu
=====
Vyzkoušej jiné 3gp (jiné ve smyslu jiné audio/video), kvůli porovnání - info o videu zjistíš napravo v kolonce vlastnosti.
Zde je obsažen přehled formátů v kontejneru 3gp http://en.wikipedia.org/wiki/3GP
======
Je možné, že skladba tvého videa způsobí problém při načtení a následně při převodu. Toto ještě u MediaCoder nemám vyzkoušeno, ale je tam záložka AviSynth (který je nainstalovaný) - pokud mu nastavíš parametr DirectShowSource a v systému budou nainstalovány přehrávací filtry na obsah 3gp (přehraje i WMP), tak se video načte do MediaCoder přes aviproxy - to jsem dělával ve VirtulDubMOD. Takže program zpracuje video, které neumí načíst.