Všechny sloty by měly fungovat. Často nejsou rovnocenné, manuál k motherboardu právě většinou předepisuje, do kterého slotu se má grafika osazovat přednostně (kde je nejrychlejší přenos), ale je to jen doporučení. V jednom PC to mám právě přesně jinak, protože se mi vzhledem k rozložení v bedně (i na MB) ta grafika ani do jednoho ze dvou slotů tam prostě něvešla (kolize s DVD nebo RAM), tak jsem to osadil do třetího nebo čtvrtého (tahle deska měla 4 sloty PCIex16) kde funguje léta v pohodě. Do toho primárního jsem myslím potom dal řadič USB3 (to je sice PCIex1 ale do PCIex16 to jde v pohodě).
Koukněte se na to, co píše manuál k desce, ale bylo by divné, kdyby to nešlo (odhlédněme teď od možného omezení výkonu v jiném slotu, ale specifikace PCIex jsou kompatibilní oběma směry). Stejně tak by měl bios detekovat sám, kde je grafika osazená, v nastavení biosu, pokud to tam je, tak jen se určuje, která má být primární (na kterou se ukáže obraz po spuštění).