Dvě karty by měly fungovat bez problémů. Naopak některé desky nepodporovaly kombinaci integrovaná + PCIe, protože po vložení dedikované karty tu interní odpojily.
Ve Windows jde nastavit, jaká aplikace má používat jakou GPU - v Linuxu to bude asi podobné...
https://www.tenforums.com/tutorials/103965-set-preferred-gpu-apps-windows-10-a.html