VPN, reverzní proxy s autentikací, těch možností je spousta. Záleží na tom, jak moc to má být pohodlné a bezpečné a na čem ta služba reálně běží.
Chápu, že portknocking v dnešní době sdílených IP adres už asi není úplně nejbezpečnější nápad - budeš to zřejmě muset "personalizovat" na úroveň vystaveného spojení.