Máš zakomentované tohle:

#RewriteCond %{QUERY_STRING} ^(uri=/?)?(.*)
#RewriteRule .* http://%{HTTP_HOST}/%2? [R=301,L] 

Sice mi to dnes už moc nemyslí, ale mělo by to být to pravidlo, které ti odstraňuje z parametrů právě to ?uri

edit: jak vypadal původní .htaccess? Ono bez znalosti konkrétních (a původních) nastavení se dá jen hádat.