Tohle bych viděl na použití doplňku PowerQuery, ale neumím s ním moc zacházet, tak doporučuji zeptat se na https://wall.cz/ms-excel-diskuse.
Ale předem si připrav nějakou ukázku, jak vypadají zdrojové soubory a jak se to má poskládat do toho cílového Excelu.