jednotlivé wiindows instaluješ samostatně, vždy s odpojenými ostatními disky.
sice to nemá smysl mít tam 3 licence, když na ten jeden hw stačila jedna, ale je to vaše přání.

licence se samozřejmě nikdy do biosu nezapisuje.
jen u značkých pc se může proti jejich biosu ověřit, tím bych se ale u domácích skládaček nezabýval.