Tohle jsem v linuxu opravoval už víckrát, myslím, že na to je něco i v bootovací nabídce. Ve windows se mi to ale ještě nestalo, tak nevím. Nicméně poškozený MBR by nemělo být problém opravit. Horčí je, jestli roz* i něco jiného.
Hlavně že máme UEFI, který má přesně takové situaci zabránit, protože nespustí systém z jiného než nastaveného disku a ještě kontroluje, jestli je v pořádku jeho podpis. Takže podle mě selhal už tento systém (pokud nebyl deaktivovaný), který neměl bootování z disku, který stoprocentně neni v seznamu, vůbec zahájit a mělo to kdyžtak skončit uefi error.