Aplikace bude zjevně evidovaná, ale nebude spuštěná, takže nic.
Když napíšu:

Spusť mou aplikaci.exe
Shutdown

Tady je vše v naprostém pořádku, Shutdown počká zjevně na ukončení oné aplikace, jako u všech jiných.
Ovšem když jiná spuštěná aplikace má v plánu po dokončení svojí práce vypnout PC, neví že má spustit "mou aplikaci.exe", a ta musí být spuštěná před tou vypínací mašinérií spuštěných aplikací.

Děkuji všem za všechny odpovědi.