Keď meníš vo vlastnostiach priečinka atribút read-only, tak ho meníš pre súbory, ktoré sa v ňom nachádzajú. Atribútu read-only pre priečinok má vo Windows špeciálny význam a môžeš ho nastaviť cez príkazový riadok pomocou príkazu attrib. Viac na http://support.microsoft.com/kb/256614.

Tá hláška vyskočí pri inštalovaní úplne všetkých programov, ktoré si skúšal? Konkrétne ktoré programy to boli? Pri inštalácii si prihlásený ako administrátor?

Problém bude asi v nastavení práv. Neviem, čo všetko si skúšal, ale na webe je zopár postupov, napríklad:
http://kb.adobe.com/selfservice/viewContent.do?exte rnalId=332541
http://support.microsoft.com/kb/872903