Sice šifrování souborů a složek vůbec nepoužívám, teď jsem se na to kouknul prvně, zkusím ale napsat i tak pár poznámek, konkrétně k "Dešifrovanie pracovnej plochy".
Napsal jsi, že jsi chtěl zašifrovat jeden bezvýznamný soubor na pracovní ploše.
Pokud chceš zašifrovat soubor, zeptá se tě to, jestli zašifrovat soubor a nadřezenou složku (doporučeno) nebo jen soubor.

Ty jsi nemyslel a potvrdil jsi to šifrování i pro nadřazenou složku, tedy Plochu.
Od té chvíle je jakákoliv složka nebo jakýkoliv vytvořený soubor na Ploše šifrovaný.
Šifrovací klíče jsou v certmgr.msc pod "Osobní / Certifikáty" a "Důvěryhodné osoby / Certifikáty".

Pokud tam ty certifikáty jsou a ve vlastnostech Plochy se dá dešifrovat Plochu včetně podsložek a souborů, tak se to dešifruje.
Pokud tam ty certifikáty nejsou a vytvoří se nový zašifrovaný soubor s novým certifikátem, a Plocha se dešifruje, tak se dešifrují pouze ty soubory, které se zašifrovali s nově vytvořeným certifikátem.
Pokud se naimportuje nějaký předchozí certifikát, tak se dají hromadně dešifrovat i zašifrované soubory předchozím certifikátem.
Pokud se smazal certifikát z certmgr.msc a záloha certifikátu, tak se akorát přijde o ty soubory, které se tímto už nedostupným certifikátem šifrovaly. Ale Plocha by se i tak měla dát dostat do stavu, kdy tam ta faifka na šifrování už není.

To, že by nešla odebrat faifka šifrování u Plochy se mi nepodařilo nasimulovat ani při ztrátě certifikátu.
Stejně tak se mi nepodařilo nasimulovat to, že by nešel přejmenovat soubor.
Dostal jsi to do nabořeného stavu a s tímto stavem neporadím
Jen si dovolím tipnout, že na ten stav nemá ztrata certifikátu vliv.
Ztráta certifikátu má vliv jen na zašifrované soubory (prostě o ně člověk asi přijde pokud není certifikát v certmgr.msc nebo není záloha certifikátu).