Spis v tomto poradi ne ?

ffmpeg -i input.avi -c copy output.mkv

.. v podstate tim veme audio & video a da ho do kontejneru .mkv. Ale pro nejlepsi kompatibilitu i kdyz preferuji H.265 (HVEC) bych zvolil neco jako :
H.264 | crf 18 : beztratova kvalita | preset slow : lepsi komprese | c:a aac : audio na ACC:

ffmpeg -i input.avi -c:v libx264 -preset slow -crf 18 -c:a aac -b:a 192k output.mkv