ffmpeg -i input.avi -c copy output.mkv
ano, v tomto poradi = pre súbor avi do mkv ale bez prekodovania....

netuším prečo by sa mal vstupný súbor konvertovať a znovu celý prekódovávať?
1. kvalita sa určite nezlepší, skôr pôjde dole
2. trvá to nejaký čas, kým sa celý súbor prekoduje, záleží na pc