Pokud dáš ps1 do exe, tak se to děje obvykle pomocí nějakého nástroje, který způsobí to, že exe bývá některými antiviry detekovaný:

Microsoft Defender SmartScreen vyhodnocuje reputaci staženého souboru.
Převodem .ps1 do .exe se automaticky nezvyšuje ani bezpečnost, ani nebezpečnost programu. Mění se pouze způsob, jakým Windows soubor identifikuje a vyhodnocuje.

SmartScreen může upozornit i při spuštění samotného souboru .ps1, nejen v případě, že převedeš PS1 do EXE.
Zde jde spíše o problém s digitálním podpisem, program nemá vybudovanou reputaci atd.

Už jsem to měl lokálně vyřešené přes Authenticode, ale nakonec jsem zvolil https://signpath.org/apply, kde mi budou podepisovat každou novou verzi EXE. Tím by se měla situace zlepšit a upozornění by v příští verzi mohlo zmizet, protože už bude podepsaná přes SignPath.