fat32 má komplikovanější fat-tabulku s adresami souborů než fat16, právě jejich zápis je důvodem děsného zpomalení u malých souborů. (ale ntfs na tom nebude líp)

jsem zkoušel prolézat nastavení ff, vidím jen možnost určit velikost cache, ale ne umístění.
čili spustit firefox s parametrem -p, nabídne výběr profilů, a nechat si založit nový na pevném disku, pak by to mělo být rychlejší.