Nasiel som konecne riesenie:

1. v korenovom adresari instalacie (C:\Program files\Notepad++) som nasiel subor "nativeLang.xml"
2. otvoril som ho v Notepad++ ()
3. dokument som prekonvertoval do UTF-8
4. v prvom riadku som zmenil kodovanie z win-1250 na utf-8

<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>

5. ulozil som ako povodny "nativeLang.xml"

Restart Notepad++ a diakritika funguje skvele.

ps: pri samotnej instalacii som volil nepouzival %appdir%, takze kto bude mat tuto volbu zapnutu, bude mat spominany lokalizacny subor pravdepodobne v nej (C:\Documents and settings\user\Application Data\Notepad++)

Dakujem za snahu zucastnenych.